本集团已获取下列奖项:

双优企业
于2008年3月,兆科获安徽省食品药品监督管理局颁发双优企业证书,以表扬兆科在生产药物上之优质管理及优良效益。

高新技术企业
于2007年12月,兆科获安徽省科技厅颁发高新技术企业认定证书。

2001年香港创新科技基金拨款
于二零零一年五月，集团获香港政府创新科技基金给予经费，用以与香港科技大学生物研究中心合作研究《从传统中药，甄选人类肝素酶抑制剂作为抗癌药物》的项目。

1999年国家重点技术创新项目
于一九九九年六月，集团一项正在研发的新产品《抗血小板溶栓素》，被中华人民共和国国家经济贸易委员会批准为一九九九年度的国家重点技术创新项目。

外商投资先进技术企业
于一九九九年四月，兆科被中国外经贸部确认为外商投资先进技术企业。

国家级火炬计划项目证书
于一九九六年三月，兆科受国家科学技术部委任进行国家级火炬计划的《降纤酶开发及商品化》项目。

高新技术企业认定证书
于一九九五年九月，安徽省科学技术委员会确认兆科为高新技术企业。

自然科学奖二等奖
中国科学院于一九九四年十一月，因兆科进行《尖吻蝮蛇毒的生物化学研究》而向其颁发自然科学二等奖。